La Giunta coadiuva il Direttore ed esercita funzioni deliberative sulle materie delegate dal Consiglio.
E' composta da: Direttore, Vicedirettore, Responsabile amministrativo-gestionale, 9 professori e ricercatori eletti, 2 rappresentanti del personale tecnico-amministrativo, 2 rappresentanti degli studenti, 3 professori e/o ricercatori eletti dal Consiglio all'interno di una rosa di 6 candidati disposta dal Direttore.
Attualmente la Giunta è composta da:
Maurizio Recanatini (Direttore), Vincenzo Scarlato (ViceDirettore), Rossana Bartone (Responsabile Amministrativo), Davide Zannoni, Patrizia Brigidi, Patrizia Hrelia, Anna Minarini, Giovanni Perini, Giorgio Sartor, Giorgio Gallinella, Anna Maria Di Pietra, Alessandra Locatelli, Barbara Monti, Giampaolo Zuccheri, Nadia Passerini, Maria Teresa Forte, Luigi Volgarino, Elisa Fiumi, Salvatore La Manna.
Con decreto rettorale n. 241 del 19/02/2013 è stata istituita la giunta di dipartimento di Biotecnologie, Chimica e Farmacia, costituita da 3 Professori ordinari (Campiani, Santucci, Valensin), 2 professori associati (Magnani e Tafi), 1 ricercatore (Sinicropi), 1 tecnico-amministrativo (benvenuti), 1 assegnista (Braconi) e 2 studenti (Bitonte e Caterina Risi). Alle sedute della Giunta partecipa altresì il segretario amministrativo con funzioni di segretario verbalizzante.