Il Consiglio di Dipartimento esercita funzioni di indirizzo, programmazione e controllo delle attività in materia di ricerca e didattica.
E' composto dai docenti ad esso afferenti e da rappresentanze elettive degli studenti (iscritti ai Corsi di Laurea e Laurea Magistrale, ai Dottorati di ricerca e ai Corsi di Specializzazione), dei titolari di assegni di ricerca e del personale tecnico-amministrativo nei limiti fissati dal Regolamento Generale di Ateneo.
Attualmente fanno parte del Consiglio del Dipartimento di Biotecnologie, Chimica e Farmacia 7 Professori Ordinari, 1 Professore Straordinario, 30 Professori Associati, 26 Ricercatori, 2 rappresentanti degli assegnisti, 7 rappresentanti degli studenti e 4 rappresentanti del personale tecnico-amministrativo. Alle sedute del Consiglio, partecipa anche il responsabile amministrativo con funzioni di segretario verbalizzante.