Classes 2023-24

Simulating Protein Dynamics - Prof. Andruniow - Technical University of Wroclaw (Poland)

From 21st to 24th OCTOBER Prof. Andruniow from the Technical University of Wroclaw (Poland) will give 4 lectures of 90 minutes each, presenting the basics of molecular dynamics. 

Students will be able to perform calculations personally using their LAPTOPS.

 

Summary Program of the course 

 Lecture 1: Basics of molecular dynamics.

      The roots of molecular mechanics (MM)/molecular dynamics (MD).

     Characteristics of MD: Newton formalism, integration schemes, force fields.

 Lectures 2-4: Hands-on workshop on using molecular dynamics in biomolecular simulations.

     Ubiquitin protein in water. 

     Protein dimer in water.

     β-hairpin unfolding.

The time and location of the course in the attached flyer
SOFT SKILLS: Incontri di formazione sul Trasferimento tecnologico: 25 e 28 ottobre, Aula Magna Storica
Il Liaison Office - Divisione Ricerca e Trasferimento tecnologico dell’Università di Siena - organizza degli incontri di formazione sul trasferimento tecnologico.
 
Calendario:

25 ottobre 2024, ore 9-13, Aula Magna Storica e diretta streaming, docente Niccolò Fiorini, “La parte descrittiva del business plan"

25 ottobre 2024, ore 14-18, Aula Magna Storica e diretta streaming, docente Niccolò Fiorini, “Il Piano Economico Finanziario del business plan"
28 ottobre 2024, ore 9-13, Aula Magna Storica e diretta streaming, docente Alessandra Romeo, "Le caratteristiche principali di un brevetto"
 
Gli incontri, aperti alla partecipazione di docenti, ricercatori, borsisti, studenti e staff degli uffici che si occupano di ricerca e terza missione, si terranno sia in presenza nell'Aula Magna Storica del Palazzo del Rettorato, in Via Banchi di Sotto 55, sia in diretta web attraverso lo strumento Webex Webinar.

Per iscriversi, collegandosi alla pagina dedicata, è necessario essere in possesso di un account istituzionale UNISI con email @unisi.it o @student.unisi.it.
Visto il numero limitato di posti a sedere nell'Aula Magna Storica è assolutamente necessario comunicare al Liaison Office tramite email la richiesta di partecipare in presenza.

 
Per informazioni: liaison@unisi.it
Prof. Andre' Matagne - Structure and function of proteins: Theory and practice - June 17-21

 "Structure and function of proteins:Theory and practice" 

Prof. Andre' Matagne, University of Liege, Belgium.
 

BiBiM2.0 Teaching Day 2024
The BiBiM2.0 Teaching Day 2024  is scheduled for Friday, June 14th, 2024,  at the University of Florence.
The event will be held in person, however, remote participation will also be possible.
The Teaching Day is part of the educational activities of the doctoral program, and attendance is mandatory.
 
Prof. Araceli Tobio Ageitos, University of Santiago de Compostela (Spain), 24 - 27 June 2024

Prof. Araceli Tobio Ageitos, Dpt. of Pharmacology, Pharmacy and Pharmaceutical Technology, University of Santiago de Compostela (Spain),

24 - 27 June 2024, from 11:00 am to 1:00 pm.

 

Program of the course:

Master class #1: Cancer immunotherapy: from the past to the future (2h). 

Master class #2: Cancer immunotherapy: current progress and prospects (2h). 

Interactive lesson #1: Biological drugs' efficiency (2h). 

Workshop #1: case-report exercise: effectiveness of biological drugs in solid tumors (2h). 

 

The course will be held both in person and remotely. Participation in the course can be recognized in terms of training credits.

 

Sensors and Biosensors Development - Prof.ssa Mariagrazia LETTIERI

Programma del corso:

22 Aprile 2024 – dalle 14.00 alle 16.00 – Aula 4: Introduction of Sensors and Biosensors, Sensors and Biosensors definition;
23 Aprile 2024 – dalle 14.00 alle 16.00 – Aula 1: Electrochemical biosensors: potentiometric, amperometric and voltammetric;
29 Aprile 2024 – dalle 14.00 alle 16.00 - Aula 9b: Piezoelectric, Optical and FET biosensors; 
30 Aprile 2024 – dalle 10.00 alle 12.00 –  Aula 6: Immobilization techniques in biosensors development; Application of Biosensors and Sensors. 
 

 

Per ulteriori informazioni contattare la docente 

Mariagrazia LETTIERI

Mass Spectrometry in Biochemistry and Clinical Biochemistry - Prof. Alessandro Saba

Program:

  • Lecture 1: Introduction to mass spectrometry and a brief overview of the main ionization techniques (EI, ESI, APCI, ICP e MALDI) – April 24, 2024, 15:00 - 17:00.
  • Lecture 2: Clinical applications in endocrinology – May 8, 2024, 15:00 - 17:00.
  • Lecture 3: Clinical applications in fields other than endocrinology, food composition studies and detection of adulterations, characterization of drug metabolites –May 14, 2024, 15:00 - 17:00.

The lectures are part of the didactic activity of the PhD program and will be held in english.
For registration and information, please send an email to alessandro.saba@unipi.it.
The PhD students assigned to the University of Pisa can attend the lectures at Polo Porta Nuova, Aula 4, while those assigned to the Universities of Siena and Firenze can attend the lectures in remote mode by Microsoft Teams. The link will be provided after the registration.

Remote and in-person course

 

 

Genomica: tecnologie avanzate - Federazione Italiana Scienze della Vita FISV - 25 e 26 gennaio 2024

Organizzato dalla Federazione Italiana Scienze della Vita FISV per il 25 e 26 gennaio prossimi. Il corso, erogato in italiano, si avvarrà di alcuni fra i massimi esperti italiani del settore, potrà essere seguito in presenza, presso la sede dell'Università degli Studi di Milano (Via Festa del Perdono, 7 - Aula 201), oppure da remoto.  L'obiettivo è fornire ai giovani ricercatori (dottorandi, Post-Doc e specializzandi) una panoramica dettagliata delle tecnologie genomiche e delle loro applicazioni.

Temi trattati:

Sequencing (r)evolution
Metodologie di WGS e targeted resequencing: dai microrganismi all'uomo
Costruzione ed assemblaggio di genomi e pan-genomi
GWAS e i punteggi di rischio poligenico
Metodologie di analisi del trascrittoma e della regolazione dell’espressione genica
Epigenetica ed epigenomica

 

Faculty:

Massimo DELLEDONNE - Dipartimento di Biotecnologie, Università di Verona

Veronica DE SANCTIS e Roberto BERTORELLI - NGS Core Facility, Dipartimento CIBIO, Università di Trento

Michele MORGANTE - Università di Udine ed Istituto di Genomica Applicata

Davide GENTILINI - Dipartimento di Scienze del Sistema Nervoso e del Comportamento, Università di Pavia - Unità di Bioinformatica e di Statistica Genomica, IRCCS Istituto Auxologico Italiano, Milano

Raffaele CALOGERO - Dipartimento Biotecnologie Molecolari e Scienze della Salute, Università di Torino

Stefano AMENTE - Dipartimento di Medicina Molecolare e Biotecnologie Mediche, Università di Napoli Federico II

 

Per gli interessati tutte le informazioni relative ai contenuti e alle modalità di iscrizione (entro il 18 gennaio 2024) sono disponibili al seguente link:

https://www.fisv.org/fisv-per-i-giovani-ricercatori-genomica-tecnologie-avanzate/

Sequencing of nucleic acids: techniques and applications - Prof. Federico Galvagni
Lesson 1
Sequencing techniques: from Maxam and Gilbert to third generation sequencing.

Lesson 2

Applications of NGS sequencing: genome and transcriptome analysis, methylome and epigenetic fingerprint analysis.
 
Remote and in-person course
19-20th September 2024, n. 4 hours
 
Room 14 or in the virtual classroom https://meet.google.com/jup-tfuh-aie.
Insights in Protein Engineering - Prof. Luigi Ippolito
  • Site-directed Mutagenesis and random mutagenesis through Directed Evolution and gene shuffling
  • Genome editing
  • Cell-free protein synthesis / RNA interference (to be decided)
  • Host-specific vectors and their subcellular genetic targeting

 

Remote and in-person course

8th, 9th,15th and16th April, 14-16, n. hours 8

Auletta vecchia, Dipartimento di Scienze Biomediche Sperimentali , viale Morgagni 50 - Firenze

meet.google.com/yrh-eyns-egy

Principles of statistics and scientific interpretation of statistical tests - Prof. Fabio Fusi

10-12th September 2024, n. hours 6

September 10 (10-13) and September 12 (ore 10-13). 
 
The link for those who wish to connect remotely is: https://meet.google.com/xpf-ftss-sng
The classroom for those who will attend in person will be indicated on the display located in the atrium of the Didactic section. 
State of the art and methodological approaches for the study of biotechnological drugs - Prof.ssa Federica Finetti

6th  September 2024     10:00-13:00

11th September 2024    14:00-17:00

 

Data Analysis and Machine Learning with R - Prof.ssa Giovanna Dimitri
  • Introduction to Machine Learning and Data Mining course (1 hour)
  • Introduction to R and preliminary statistical analysis (2 hours)
  • Data pre-processing and wrangling and R (2 hours)
  • Supervised machine learning methods (3 hours)
  • Clustering and unsupervised machine learning methods (2 hours)

 Prof.ssa Giovanna Dimitri website 

 

Remote and in-person course

18th March, 10:30-13.00

25th March, 10:30-13.00

8th April, 10:30-13:00

15th April, 10.30-13:00

https://meet.google.com/ffp-xqax-xyp n. hours 10